O Lyx é um "front-end" do latex, e a diferença entre trabalhar em Lyx e em latex é a mesma que há entre trabalhar em C e em assembler.
Ambos são compilados, posto que Lyx em última instância, também é latex, só que muito mais amigável e sem a necessidade de memorizar centenas de comandos. Também é possível embeber código latex em Lyx, da mesma forma que dá para embeber código assembler em C, mas isso raramente é necessário.
Outra vantagem do Lyx é a estreita integração com Zotero, o que facilita demais o gerenciamento das referências. Basta procurar a referência que se quer inserir no Zotero, selecionar a mesma, e apertar o botão "Cite in Lyx":
E pronto! O sistema vai inserir a referência no arquivo Lyx no ponto em que o cursor estiver e ao mesmo tempo vai ir construindo o arquivo bibtex necessário para as referências desse trabalho em particular. Tudo automático! Venho usando isso direto, funciona muito bem e não dá problemas, assim como todo o Lyx, que uso desde 2015 sem encontrar bugs.
Para trabalhar documentos brasileiros em Lyx, basta copiar o arquivo abntex2.layout, fornecido pela ABNT especialmente para Lyx, isso está bem explicado no site da UEL.Já a correção ortográfica em português do Brasil vem nativa em Lyx.
Modelo elaborado por: Dr. Alvaro D. Arioni
Folha para identificação de responsável pelo protótipo.
Modelo Lyx para os trabalhos da UDESC